#17
Réunion PhyloAlps05/03/2019
Participants
- Eric Coissac
- Anthony Hombiat
- Sébastien Lavergne
- Charles Pouchon
Base de données
- PhyloAlps Browser : BD version n
- PhyloAlps Editor : BD version n+1
- Répertoire
prereleases/
: dernières données d'assemblage alimentant l'éditeur après validation
PhyloData
Environnement pour la manipulation des données génomiques de PhyloAlps
Structure de fichiers
- Sur Luke : /bettik/LECA/phyloskims :
-
junk/
: pre-corbeille -
phylodata/
: scripts et fichiers de configuration pour manipuler les données génomiques de PhyloAlps-
bin/
: scripts -
crontasks/
: taskdaemon.cron qui lance les jobs OAR sur le cluster -
etc/
:-
env.phyloskims
: environnement logiciel pour manipuler les données -
phylodb.conf
qui définit des variables liées aux données PhyloAlps
-
-
jobscripts/
: différents scripts à lancer en séquence -
lib/
: librairies -
log/
: logs des scripts -
tasks/
: queue de tâches à envoyer sur OAR lancée par letaskdaemon.cron
-
tmp/
: dossier tampon pour les scripts
-
-
data/
-
rawdata/
: répertoire par centre de séquençage (BGI, génoscope, fasteris) puis par projet puis par librairies -
prereleases/
: répertoire par projet puis par espèces puis
-
-
Commandes
-
phyloclean
: enlève le statut DONE d'une tâche donnée -
phylodo
: crée les fichiers de tâches dans le répertoirestasks/
qui seront lancées par ledaemontask.cron
-
phyloedit
: permet d'éditer une tâche -
phyloidx
: réindexe les répertoires après le séquençage -
phyloneeds
: renvoie la liste des scripts qu'il reste à lancer pour une tâche donnée -
phylorun
: lance lecommand.sh
dans le shell afin de voir les sorties -
phylopushd
: déplace vers le répertoire d'une librairie donnée dans/prereleases