Réunion PhyloAlps #6

12/05/2017

Participants

• Frédéric Boyer
• Eric Coissac
• Anthony Hombiat
• Sébastien Lavergne

Référentiel taxonomique INPN

• Rangs taxonomiques :
  • inpn:CLAD <=> ncbi:NoRank
  • inpn:Dumm <=> ncbi:NoRank
  • inpn:RG <=> ncbi:Reign
  • inpn:Biota<=> ncbi:Root

Référentiel taxonomique NCBI

• Les taxons non validés apparaissent dans la base préfixés par "Candidatus" ou "Candidate"

TODO

• Intégrer les liens d'un service de réconciliation de référentiel taxonomique par l'intermédiaire du nom scientifique (pato:scientificName) sous forme de graphe
• Intégrer le 3ème référentiel taxonomique : MoBoT
• Conformer l'ontologie de la taxonomie PhyloAlps aux standards, en particulier, au Taxonomic Concept (Transfer) Schema
• Rédiger le README.md sur https://git.metabarcoding.org/phyloalps/phylotaxo/tree/master
• Installer OpenLink Virtuoso pour interroger simultanément les différentes base de données taxonomiques grâce aux requêtes fédérées de SPARQL 1.1