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  • 2017.05.12

Last edited by Anthony Hombiat Sep 25, 2017
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2017.05.12

Réunion PhyloAlps #6

12/05/2017

Participants

  • Frédéric Boyer
  • Eric Coissac
  • Anthony Hombiat
  • Sébastien Lavergne

Référentiel taxonomique INPN

  • Rangs taxonomiques :
    • inpn:CLAD <=> ncbi:NoRank
    • inpn:Dumm <=> ncbi:NoRank
    • inpn:RG <=> ncbi:Reign
    • inpn:Biota<=> ncbi:Root

Référentiel taxonomique NCBI

  • Les taxons non validés apparaissent dans la base préfixés par "Candidatus" ou "Candidate"

TODO

  • Intégrer les liens d'un service de réconciliation de référentiel taxonomique par l'intermédiaire du nom scientifique (pato:scientificName) sous forme de graphe
  • Intégrer le 3ème référentiel taxonomique : MoBoT
  • Conformer l'ontologie de la taxonomie PhyloAlps aux standards, en particulier, au Taxonomic Concept (Transfer) Schema
  • Rédiger le README.md sur https://git.metabarcoding.org/phyloalps/phylotaxo/tree/master
  • Installer OpenLink Virtuoso pour interroger simultanément les différentes base de données taxonomiques grâce aux requêtes fédérées de SPARQL 1.1
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