Réunion PhyloAlps #3

27/03/2017

Participants

• Eric Coissac
• Frédéric Boyer
• Roland Douzet
• Anthony Hombiat

Modèle de données

• Nomenclature ≠ taxonomie : la nomenclature binomiale contient les deux derniers niveaux de la taxonomie.
• Nomenclature :
  • Basionyme : premier nom qui a été donné
  • Synonyme nomenclatural
  • Synonyme de remplacement
• Concept de Curator ≠ Contributor :
  • Curator : spécialiste missionné par une institution pour renseigner les informations à propos des specimens d'une collection (par exemple, un herbier) dont il est, par suite, responsable.
  • Contributor : Personne autorisée à ajouter des échantillons (Sample) dans la base et dont il est donc responsable.
• Le taxid du NCBI sera utilisé comme référence référentiel taxonomique de référence (!) : il sera donc obligatoire au moment de l'ajout d'un échantillon en bd.
• Les id dans d'autres référentiels taxonomiques pourront être renseignés lors de l'ajout d'un échantillon en bd, auquel cas ils seront marqués comme expertised. Sinon, et que le système est parvenu a les inferrer automatiquement, ils seront marqués comme inferred.
• Part d'herbier ≠ échantillon
• Part d'herbier (HerbPress) : planche avec un individu de l'espèce qui est enregistrer dans un herbier qui fera référence. La part d'herbier est une forme de collection de musée particulière.
• Echantillon (Sample) : Tout ou partie d'un ou plusieurs individu(s), pouvant faire (ou non) l'objet d'une part d'herbier.
• Tout ce qui a trait au metabarcoding dans le modèle doit être supprimé : l'objectif du projet PhyloAlps n'est pas d'enregistrer le résultat du metabarcoding mais d'être une base de référence à la disposition des personnes qui le pratique.
• Ajouter la chaine SampleSet > Sample > DNAExtract > DNALibrary > DNARawSequences > DNAAssembly
• Un extrait d'ADN (DNAExtract) ne peut être lié qu'à un échantillon (Sample), et pas à une part d'herbier (HerbPress) ni à un taxon (Taxon).

Prototype

• Plusieurs petites bases de données relationnelles :
  • Taxonomie NCBI sur ncbi.phyloalps.org
  • Taxonomie PlantList sur sajf.phyloalps.org
  • Herbier SAJF sur plantlist.phyloalps.org
  • etc.
• Modèle de données englobant en RDF
• Association modèle relationnel - modèle graphe via une des implémentations de la R2RML
• Le prototype devra servir de preuve de concept sur une bd de moins de 100 000 échantillons.
• Les mises à jour se feront sous la forme de nouvelles versions délivrées ponctuellement, pas d'intégration continue.

TODO

• Rajouter carte d'échantillonnage PhyloAlps sur phyloalps.org
• Ajouter courriels de contact et courriels des membres du projet via gandi.net
• Faire le lien entre les référentiels taxonomiques de PlantList et du NCBI
• Sur une machine virtuelle NixOS, mettre en place un SGBD PostgreSQL hébergeant la taxonomie du NCBI et l'implémentation R2RML permettant de l'interroger en SPARQL