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  • 2017.07.21

Last edited by Anthony Hombiat Nov 28, 2017
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2017.07.21

Réunion PhyloAlps #7a

21/07/2017

Participants

  • Martì Boleda
  • Anthony Hombiat

Feuille de calcul répertoriant les échantillons de PhyloAlps

  • Echantillonnage dans 3 pays différents : Suisse, Autriche et France (CH/AT/FR)
  • Chaque entrée correspond à un échantillon conservé dans du silicagel
  • Christophe Perrier fait le lien entre chaque échantillon et la part d'herbier correspondante
  • Lorsqu'un identifiant (lab ID) est partagé par plusieurs entrées, il s'agit de plusieurs extractions d'ADN provenant d'un même échantillon
  • Parfois le code CBNA est le même pour des échantillons distincts (problème dans la planification de la collecte) : il faut générer nos propres identifiants uniques (clé primaire)
  • Les formats GPS ne sont pas homogènes
  • Les formats de référence à l'expert concerné par le prélèvement ne sont pas homogènes (il peut également s'agir de l'organisme)
  • SP/IND signifie espèce indéterminée
  • Projet PhA signifie PhyloAlps
  • Pour le projet de Toulouse, il n'y a pas d'échantillonnage, uniquement des extractions d'ADN (ne concerne pas la BD PhyloAlps, à tout le moins pas la première mouture)
  • Les couleurs ne sont pas significatives pour l'import des données dans la base
  • Les colonnes sample status et taxon status ne doivent pas être importées
  • Le suivi de la collecte, depuis l'échantillonnage jusqu'au séquençage (Sample => DNAAssembly), est reporté sur une feuille de calcul Google Drive

Correspondances entre la feuille de calcul et le modèle de données de la base PhyloAlps :

  • Les colonnes à gauche de la colonne code extraction sont des attributs du concept Sample
  • Les colonnes entre la colonne code extraction et la colonne sequençage sont des attributs du concept DNAExtract
  • Les colonnes à droite de la colonne sequençage sont des attributs du concept DNALibrary
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