2017.07.21

Réunion PhyloAlps #7a

21/07/2017

Echantillonnage dans 3 pays différents : Suisse, Autriche et France (CH/AT/FR)
Chaque entrée correspond à un échantillon conservé dans du silicagel
Christophe Perrier fait le lien entre chaque échantillon et la part d'herbier correspondante
Lorsqu'un identifiant (lab ID) est partagé par plusieurs entrées, il s'agit de plusieurs extractions d'ADN provenant d'un même échantillon
Parfois le code CBNA est le même pour des échantillons distincts (problème dans la planification de la collecte) : il faut générer nos propres identifiants uniques (clé primaire)
Les formats GPS ne sont pas homogènes
Les formats de référence à l'expert concerné par le prélèvement ne sont pas homogènes (il peut également s'agir de l'organisme)
SP/IND signifie espèce indéterminée
Projet PhA signifie PhyloAlps
Pour le projet de Toulouse, il n'y a pas d'échantillonnage, uniquement des extractions d'ADN (ne concerne pas la BD PhyloAlps, à tout le moins pas la première mouture)
Les couleurs ne sont pas significatives pour l'import des données dans la base
Les colonnes sample status et taxon status ne doivent pas être importées
Le suivi de la collecte, depuis l'échantillonnage jusqu'au séquençage (Sample => DNAAssembly), est reporté sur une feuille de calcul Google Drive

Correspondances entre la feuille de calcul et le modèle de données de la base PhyloAlps :

Les colonnes à gauche de la colonne code extraction sont des attributs du concept Sample
Les colonnes entre la colonne code extraction et la colonne sequençage sont des attributs du concept DNAExtract
Les colonnes à droite de la colonne sequençage sont des attributs du concept DNALibrary