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  • 2017.09.20

Last edited by Anthony Hombiat Nov 28, 2017
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2017.09.20

Réunion PhyloAlps #8

20/09/2017

Participants

  • Martì Boleda
  • Frédéric Boyer
  • Eric Coissac
  • Rolland Douzet
  • Anthony Hombiat

PhyloAlps Taxonomy Service

  • Refonte de l'ontologie PAON et des mappings D2RQ pour considérer le TaxonName comme un concept à part entière
  • Discussion autour des relations du NCBI :
  • TaxonName -> TaxonName
  • Taxon -> TaxonName
  • Intégration de la taxonomie du MOBOT :
    • client HTTP en python
    • parser SQL
    • mapping D2RQ
  • Identification des Taxon et TaxonName, en particulier pour les taxonomies du NCBI et du MOBOT
  • Mise à jour du modèle de données en conséquence
  • Faire le lien entre les 3 référentiels taxonomiques via TNRS

PhyloAlps DataBase

  • Introduction des avancements dans le projet PhyloAlps à Marti
  • Discussion autour du fichier d'échantillonnage PhyloAlps
  • Implémentation d'une moulinette python pour charger les données dans la BD
  • Quel système de projection :
    • WGS 84 (EPSG:4326) ?
    • RGF 93 (EPSG:2154) ?
    • ETRS 89 (EPSG:3035) ?
  • Coordonnées GPS erronées pour de nombreux échantillons
  • Gestion des données dans PostgreSQL + cartouche PostGIS
  • Ajouter un référent de type Person au concept Project
  • Les Contributors d'un Project peuvent contribuer à d'autres Project (ManyToMany relation)
  • Ajouter un attribut de type Organization aux concepts DNAExtract, DNARawseq et DNAssembly
  • Multiplicité de plusieurs à plusieurs entre les concepts DNARawseq et DNAAssembly
  • Ajouter un attribut commentaire au concept DNAAssembly
  • Ajouter un attribut méthode au concept DNAAssembly
  • Supprimer l'attribut codeCBNA du concept DNAExtract
  • Générer le nom d'un Sampleset sur la base du nom du Project parent et des bornes inférieure et supérieure des Sample qu'il contient
  • Utiliser le module 'Full text search' de PostgreSQL pour indexer les résultat de l'autocomplétion de la barre de recherche
  • Notion de lot de DNARawseq : Batch (à laisser de côté pour l'instant)

PhyloAlps Application

  • Implémentation du modèle de données dans le framework python Django
  • Mise à jour du modèle de données en conséquence
  • Gestion de l'authentification sécurisée des utilisateurs
  • Implémentation de la réinitialisation de mot de passe via server SMTP mail.gandi.net:587
  • CSS framework Bulma
  • 2 modules distincts :
  • Phyloalps Browser : données graphes
  • PhyloAlps Editor : données relationnelles
  • Sécurisation des URLs via rôles utilisateur suivants :
  • Admin
  • Editeurs
  • Anonymes
  • Rajouter les informations importantes de chaque élément dans la cascade rappelée par le fil d'Arianne :
    • Project : référent
    • Sample : nom scientifique + rang taxonomique
    • DNAExtract : date + organisation
    • DNALibrary : organisation
    • DNAAssembly : organisation
  • Ajouter une carte sur la page de description d'un Sample pour visualiser sa localisation
  • Ajouter le WSL dans les membres du projet (pied de page)
  • Ajouter les partenaires de chaque projet dans la page de description d'un Project

PhyloAlps Infrastructure

  • Discussion avec Patrick Juen à la mi-juillet pour définir les besoins techniques
  • Discussion avec Olivier après relance début septembre
Clone repository
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