Réunion PhyloAlps #8

20/09/2017

Participants

• Martì Boleda
• Frédéric Boyer
• Eric Coissac
• Rolland Douzet
• Anthony Hombiat

PhyloAlps Taxonomy Service

• Refonte de l'ontologie PAON et des mappings D2RQ pour considérer le TaxonName comme un concept à part entière
• Discussion autour des relations du NCBI :
• TaxonName -> TaxonName
• Taxon -> TaxonName
• Intégration de la taxonomie du MOBOT :
  • client HTTP en python
  • parser SQL
  • mapping D2RQ
• Identification des Taxon et TaxonName, en particulier pour les taxonomies du NCBI et du MOBOT
• Mise à jour du modèle de données en conséquence
• Faire le lien entre les 3 référentiels taxonomiques via TNRS

PhyloAlps DataBase

• Introduction des avancements dans le projet PhyloAlps à Marti
• Discussion autour du fichier d'échantillonnage PhyloAlps
• Implémentation d'une moulinette python pour charger les données dans la BD
• Quel système de projection :
  • WGS 84 (EPSG:4326) ?
  • RGF 93 (EPSG:2154) ?
  • ETRS 89 (EPSG:3035) ?
• Coordonnées GPS erronées pour de nombreux échantillons
• Gestion des données dans PostgreSQL + cartouche PostGIS
• Ajouter un référent de type Person au concept Project
• Les Contributors d'un Project peuvent contribuer à d'autres Project (ManyToMany relation)
• Ajouter un attribut de type Organization aux concepts DNAExtract, DNARawseq et DNAssembly
• Multiplicité de plusieurs à plusieurs entre les concepts DNARawseq et DNAAssembly
• Ajouter un attribut commentaire au concept DNAAssembly
• Ajouter un attribut méthode au concept DNAAssembly
• Supprimer l'attribut codeCBNA du concept DNAExtract
• Générer le nom d'un Sampleset sur la base du nom du Project parent et des bornes inférieure et supérieure des Sample qu'il contient
• Utiliser le module 'Full text search' de PostgreSQL pour indexer les résultat de l'autocomplétion de la barre de recherche
• Notion de lot de DNARawseq : Batch (à laisser de côté pour l'instant)

PhyloAlps Application

• Implémentation du modèle de données dans le framework python Django
• Mise à jour du modèle de données en conséquence
• Gestion de l'authentification sécurisée des utilisateurs
• Implémentation de la réinitialisation de mot de passe via server SMTP mail.gandi.net:587
• CSS framework Bulma
• 2 modules distincts :
• Phyloalps Browser : données graphes
• PhyloAlps Editor : données relationnelles
• Sécurisation des URLs via rôles utilisateur suivants :
• Admin
• Editeurs
• Anonymes
• Rajouter les informations importantes de chaque élément dans la cascade rappelée par le fil d'Arianne :
  • Project : référent
  • Sample : nom scientifique + rang taxonomique
  • DNAExtract : date + organisation
  • DNALibrary : organisation
  • DNAAssembly : organisation
• Ajouter une carte sur la page de description d'un Sample pour visualiser sa localisation
• Ajouter le WSL dans les membres du projet (pied de page)
• Ajouter les partenaires de chaque projet dans la page de description d'un Project

PhyloAlps Infrastructure

• Discussion avec Patrick Juen à la mi-juillet pour définir les besoins techniques
• Discussion avec Olivier après relance début septembre