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  • 2017.03.14

Last edited by Anthony Hombiat Dec 11, 2017
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2017.03.14

Réunion PhyloAlps #2

14/03/2017

Participants

  • Frédéric Boyer
  • Eric Coissac
  • Roland Douzet
  • Anthony Hombiat
  • Sébastien Lavergne
  • Christophe Perrier

Sources de données

  • FloraAlpina version numérique exploitable voir avec Marty ou Sébastien
  • NEWT : référentiel taxonomique utilisé par SwissProt et EMBL, diffère un peu de la taxo du NCBI
  • Si un TaxId existe dans les référentiels taxonomiques NEWT et NCBI c'est le même.
  • DDBJ WABI copyright ? Etonnant puisqu'il s'agit des mêmes données que celles du NCBI/EMBL
  • TaxRef est un autre référentiel taxonomique utilisé en France
  • La discussion avec TelaBotanica peut être initiée avec Daniel Mathieu
  • Sources de données Androsace : CBN, Roland, terrain. Chaque source est indiquée, sa disponibilité peut être retrouvée
  • Une part d'herbier = échantillon d'une collecte
    • Localisation (/!\ différents degrés de précision)
    • Photo
    • Nomenclature (/!\ différente selon la date à laquelle elle a été apposée)
    • Date (/!\ différents degrés de précision)
  • Expliquer les différentes licences qui régissent la disponibilité des données (CC, ODbL, etc.)

Modèle de données

  • Extraire du concept Sample le concept HerbariumSpecimen
  • Etoffer le concept DNAsequence
  • 3 types de données géographiques :
    • échantillon : observation ponctuelle séquence ou photo
    • occurrences : observation
    • aire de répartition
  • Voir le système de maillage géographique hiérarchique administrativo-écologique utilisé par l'UNESCO
  • Raffiner le concept User en différents rôles :
    • Curator : responsable de collection
  • Renommer le concept TaxId en Taxon
  • Photos associées au concept HerbariumSpecimen mais également au concept Taxon
  • Les traits phenotypic doivent être associés au concept Taxon

Cas d'utilisation

  • Recherche d'ADN chloroplastique de haute qualité d'un taxon
  • Recherche d'ADN ribosomique de haute qualité sur telle zone géographique

TODO

  • Modèles, méthodes et outils pour l'utilisation conjointe des référentiels taxonomiques du NCBI et de PlantList
    • Modèle de représentation d'une taxonomie (sous la forme d'un graphe)
    • Méthode de mapping (au moyen de matchers d'ontologies ?)
  • Mise en place d'un site Web statique sur le domaine phyloalps.org pour présenter le projet
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