2017.03.14

Réunion PhyloAlps #2

14/03/2017

FloraAlpina version numérique exploitable voir avec Marty ou Sébastien
NEWT : référentiel taxonomique utilisé par SwissProt et EMBL, diffère un peu de la taxo du NCBI
Si un TaxId existe dans les référentiels taxonomiques NEWT et NCBI c'est le même.
DDBJ WABI copyright ? Etonnant puisqu'il s'agit des mêmes données que celles du NCBI/EMBL
TaxRef est un autre référentiel taxonomique utilisé en France
La discussion avec TelaBotanica peut être initiée avec Daniel Mathieu
Sources de données Androsace : CBN, Roland, terrain. Chaque source est indiquée, sa disponibilité peut être retrouvée
Une part d'herbier = échantillon d'une collecte
- Localisation (/!\ différents degrés de précision)
- Photo
- Nomenclature (/!\ différente selon la date à laquelle elle a été apposée)
- Date (/!\ différents degrés de précision)
Expliquer les différentes licences qui régissent la disponibilité des données (CC, ODbL, etc.)

Extraire du concept Sample le concept HerbariumSpecimen
Etoffer le concept DNAsequence
3 types de données géographiques :
- échantillon : observation ponctuelle séquence ou photo
- occurrences : observation
- aire de répartition
Voir le système de maillage géographique hiérarchique administrativo-écologique utilisé par l'UNESCO
Raffiner le concept User en différents rôles :
- Curator : responsable de collection
Renommer le concept TaxId en Taxon
Photos associées au concept HerbariumSpecimen mais également au concept Taxon
Les traits phenotypic doivent être associés au concept Taxon

Modèles, méthodes et outils pour l'utilisation conjointe des référentiels taxonomiques du NCBI et de PlantList
- Modèle de représentation d'une taxonomie (sous la forme d'un graphe)
- Méthode de mapping (au moyen de matchers d'ontologies ?)
Mise en place d'un site Web statique sur le domaine phyloalps.org pour présenter le projet