#14
Réunion PhyloAlps18/09/2018
Participants
- Frédéric Boyer
- Bruno Bzeznik
- Eric Coissac
- Anthony Hombiat
Intégration continue
Dockerisation du projet PhyloAlps :
- Réfléchir au degré de granularité pour le découpage en container
- Développer tests unitaires, fonctionnels et de non régression
- Elaborer un jeu de données test
- Gérer les différentes versions de la base de données
Exploration des échantillons via la taxonomie
- La taxonomie de référence est celle du NCBI
- Faire le lien avec les autres référentiels taxonomiques
- Filtrer/Différencier les taxa selon qu'il existe ou non des échantillons rattachés
Annotations
3 types d'annotations :
-
MessageAuto
: message généré automatiquement sur un assemblage d'ADN -
MessageManual
: message laissé par un expert sur un objet lié à l'échantillonnage ou à la génomique -
MessageStatus
: message laissé par un expert justifiant de la validation ou bien du rejet d'un objet lié à l'échantillonnage ou à la génomique
Les MessageAuto
et MessageManual
possède un degré de sévérité à 3 niveaux : INFO
, WARNING
ou ERROR
Les MessageManual
et MessageStatus
possède un attribut indiquant la version de la base de données
Les MessageManual
et MessageStatus
sont liés à un compte utilisateur PhyloAlps
Intégration du règne animal
Généraliser le nom des concepts liés aux plantes pour englober le règne animal :
-
Herbarium
->Collection
-
Herbpress
->Specimen
Visualisation du graph d'assemblage
Ajouter légende :
- couleur :
- épaisseur :
- style des lignes :
- pointillé :
- plein :