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# Réunion PhyloAlps #8
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*20/09/2017*
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## Participants
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* Marti Boleda
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* Frédéric Boyer
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* Eric Coissac
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* Rolland Douzet
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* Athony Hombiat
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## PhyloAlps Taxonomy Service
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* Refonte de l'ontologie PAON et des mappings D2RQ pour considérer le `TaxonName` comme un concept à part entière
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* Discussion autour des relations du NCBI :
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* `TaxonName` -> `TaxonName`
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* `Taxon` -> `TaxonName`
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* Intégration de la taxonomie du MOBOT :
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* client HTTP en python
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* parser SQL
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* mapping D2RQ
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* Identification des `Taxon` et `TaxonName`, en particulier pour les taxonomies du NCBI et du MOBOT
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* Mise à jour du modèle de données en conséquence
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* Faire le lien entre les 3 référentiels taxonomiques via TNRS
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## PhyloAlps DataBase
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* Introduction des avancements dans le projet PhyloAlps à Marti
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* Discussion autour du fichier d'échantillonnage PhyloAlps
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* Implémentation d'une moulinette python pour charger les données dans la BD
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* Quel système de projection :
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* **WGS 84** (EPSG:4326) ?
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* **RGF 93** (EPSG:2154) ?
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* **ETRS 89** (EPSG:3035) ?
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* Coordonnées GPS erronées pour de nombreux échantillons
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* Gestion des données dans **PostgreSQL** + cartouche **PostGIS**
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* Ajouter un référent de type `Person` au concept `Project`
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* Les `Contributors` d'un `Project` peuvent contribuer à d'autres `Project` (ManyToMany relation)
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* Ajouter un attribut de type `Organization` aux concepts `DNAExtract`, `DNARawseq` et `DNAssembly`
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* Multiplicité de plusieurs à plusieurs entre les concepts `DNARawseq` et `DNAAssembly`
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* Ajouter un attribut commentaire au concept `DNAAssembly`
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* Ajouter un attribut méthode au concept `DNAAssembly`
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* Supprimer l'attribut `codeCBNA` du concept `DNAExtract`
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* Générer le nom d'un `Sampleset` sur la base du nom du `Project` parent et des bornes inférieure et supérieure des `Sample` qu'il contient
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* Utiliser le module 'Full text search' de PostgreSQL pour indexer les résultat de l'autocomplétion de la barre de recherche
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* Notion de lot de `DNARawseq` : `Batch` (à laisser de côté pour l'instant)
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## PhyloAlps Application
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* Implémentation du modèle de données dans le framework python **Django**
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* Mise à jour du modèle de données en conséquence
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* Gestion de l'**authentification sécurisée** des utilisateurs
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* Implémentation de la réinitialisation de mot de passe via server SMTP ***mail.gandi.net:587***
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* CSS framework **Bulma**
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* 2 modules distincts :
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* **Phyloalps *Browser*** : données graphes
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* **PhyloAlps *Editor*** : données relationnelles
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* Sécurisation des URLs via rôles utilisateur suivants :
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* Admin
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* Editeurs
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* Anonymes
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* Rajouter les informations importantes de chaque élément dans la cascade rappelée par le fil d'Arianne :
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* `Project` : référent
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* `Sample` : nom scientifique + rang taxonomique
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* `DNAExtract` : date + organisation
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* `DNALibrary` : organisation
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* `DNAAssembly` : organisation
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* Ajouter une carte sur la page de description d'un `Sample` pour visualiser sa localisation
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* Ajouter le WSL dans les membres du projet (pied de page)
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* Ajouter les partenaires de chaque projet dans la page de description d'un `Project`
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## PhyloAlps Infrastructure
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* Discussion avec Patrick Juen à la mi-juillet pour définir les besoins techniques
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* Discussion avec Olivier après relance début septembre |
