meetings/md/2017.07.21.md

+# Réunion PhyloAlps #8
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+*21/07/2017*
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+## Participants
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+* Martì Boleda
+* Anthony Hombiat
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+## Feuille de calcul répertoriant les échantillons de PhyloAlps
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+* Echantillonnage dans 3 pays différents : Suisse, Autriche et France (`CH/AT/FR`)
+* Chaque entrée correspond à un échantillon conservé dans du silicagel
+* Christophe Perrier fait le lien entre chaque échantillon et la part d'herbier correspondante
+* Lorsqu'un identifiant (`lab ID`) est partagé par plusieurs entrées, il s'agit de plusieurs extractions d'ADN provenant d'un même échantillon
+* Parfois le `code CBNA` est le même pour des échantillons distincts (problème dans la planification de la collecte) : il faut générer nos propres identifiants uniques (clé primaire)
+* Les formats GPS ne sont pas homogènes
+* Les formats de référence à l'expert concerné par le prélèvement ne sont pas homogènes (il peut également s'agir de l'organisme)
+* `SP/IND` signifie espèce indéterminée
+* Projet `PhA` signifie PhyloAlps
+* Pour le projet de Toulouse, il n'y a pas d'échantillonnage, uniquement des extractions d'ADN (ne concerne pas la BD PhyloAlps, à tout le moins pas la première mouture)
+* Les couleurs ne sont pas significatives pour l'import des données dans la base
+* Les colonnes `sample status` et `taxon status` ne doivent pas être importées
+* Le suivi de la collecte, depuis l'échantillonnage jusqu'au séquençage (`Sample` => `DNAAssembly`), est reporté sur une feuille de calcul Google Drive
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+Correspondances entre la feuille de calcul et le modèle de données de la base PhyloAlps :
+  * Les colonnes à gauche de la colonne `code extraction` sont des attributs du concept `Sample`
+  * Les colonnes entre la colonne `code extraction` et la colonne `sequençage` sont des attributs du concept `DNAExtract`
+  * Les colonnes à droite de la colonne `sequençage` sont des attributs du concept `DNALibrary`