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# Réunion PhyloAlps #3
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*27/03/2017*
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## Participants
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* Eric Coissac
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* Frédéric Boyer
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* Roland Douzet
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* Anthony Hombiat
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## Modèle de données
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* Nomenclature ≠ taxonomie : la nomenclature binomiale contient les deux derniers niveaux de la taxonomie.
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* Nomenclature :
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* *Basionyme* : premier nom qui a été donné
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* *Synonyme nomenclatural*
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* *Synonyme de remplacement*
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* Concept de `Curator` ≠ `Contributor` :
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* `Curator` : spécialiste missionné par une institution pour renseigner les informations à propos des specimens d'une collection (par exemple, un herbier) dont il est, par suite, responsable.
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* `Contributor` : Personne autorisée à ajouter des échantillons (`Sample`) dans la base et dont il est donc responsable.
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* Le taxid du NCBI sera utilisé comme référence référentiel taxonomique de référence (!) : il sera donc obligatoire au moment de l'ajout d'un échantillon en bd.
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* Les id dans d'autres référentiels taxonomiques pourront être renseignés lors de l'ajout d'un échantillon en bd, auquel cas ils seront marqués comme `expertised`. Sinon, et que le système est parvenu a les inferrer automatiquement, ils seront marqués comme `inferred`.
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* Part d'herbier ≠ échantillon
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* Part d'herbier (`HerbPress`) : planche avec un individu de l'espèce qui est enregistrer dans un herbier qui fera référence. La part d'herbier est une forme de collection de musée particulière.
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* Echantillon (`Sample`) : Tout ou partie d'un ou plusieurs individu(s), pouvant faire (ou non) l'objet d'une part d'herbier.
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* Tout ce qui a trait au metabarcoding dans le modèle doit être supprimé : l'objectif du projet PhyloAlps n'est pas d'enregistrer le résultat du metabarcoding mais d'être une base de référence à la disposition des personnes qui le pratique.
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* Ajouter la chaine `SampleSet` > `Sample` > `DNAExtract` > `DNALibrary` > `DNARawSequences` > `DNAAssembly`
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* Un extrait d'ADN (`DNAExtract`) ne peut être lié qu'à un échantillon (`Sample`), et pas à une part d'herbier (`HerbPress`) ni à un taxon (`Taxon`).
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## Prototype
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* Plusieurs petites bases de données relationnelles :
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* Taxonomie NCBI sur *ncbi*.phyloalps.org
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* Taxonomie PlantList sur *sajf*.phyloalps.org
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* Herbier SAJF sur *plantlist*.phyloalps.org
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* etc.
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* Modèle de données englobant en RDF
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* Association modèle relationnel - modèle graphe via une des [implémentations de la R2RML]
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* Le prototype devra servir de preuve de concept sur une bd de moins de 100 000 échantillons.
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* Les mises à jour se feront sous la forme de nouvelles versions délivrées ponctuellement, pas d'intégration continue.
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## TODO
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* Rajouter carte d'échantillonnage PhyloAlps sur [phyloalps.org]
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* Ajouter courriels de contact et courriels des membres du projet via [gandi.net]
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* Faire le lien entre les référentiels taxonomiques de PlantList et du NCBI
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* Sur une machine virtuelle NixOS, mettre en place un SGBD PostgreSQL hébergeant la taxonomie du NCBI et l'implémentation R2RML permettant de l'interroger en SPARQL
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[phyloalps.org]:http://phyloalps.org
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[gandi.net]:https://www.gandi.net/
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[implémentations de la R2RML]:https://www.w3.org/2001/sw/rdb2rdf/wiki/Implementations |
