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# Réunion PhyloAlps #2
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*14/03/2017*
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## Participants
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* Roland Douzet
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* Christophe Perrier
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* Eric Coissac
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* Frédéric Boyer
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* Sébastien Lavergne
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* Anthony Hombiat
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## Sources de données
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* FloraAlpina version numérique exploitable voir avec Marty ou Sébastien
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* [NEWT] : référentiel taxonomique utilisé par SwissProt et EMBL, diffère un peu de la taxo du NCBI
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* Si un TaxId existe dans les référentiels taxonomiques NEWT et NCBI c'est le même.
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* DDBJ WABI copyright ? Etonnant puisqu'il s'agit des mêmes données que celles du NCBI/EMBL
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* [TaxRef] est un autre référentiel taxonomique utilisé en France
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* La discussion avec TelaBotanica peut être initiée avec Daniel Mathieu
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* Sources de données Androsace : CBN, Roland, terrain. Chaque source est indiquée, sa disponibilité peut être retrouvée
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* Une part d'herbier = échantillon d'une collecte
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* Localisation (/!\ différents degrés de précision)
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* Photo
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* Nomenclature (/!\ différente selon la date à laquelle elle a été apposée)
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* Date (/!\ différents degrés de précision)
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* Expliquer les différentes licences qui régissent la disponibilité des données (CC, ODbL, etc.)
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## Modèle de données
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* Extraire du concept ``Sample`` le concept ``HerbariumSpecimen``
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* Etoffer le concept ``DNAsequence``
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* 3 types de données géographiques :
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* échantillon : observation ponctuelle séquence ou photo
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* occurrences : observation
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* aire de répartition
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* Voir le système de maillage géographique hiérarchique administrativo-écologique utilisé par l'UNESCO
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* Raffiner le concept ``User`` en différents rôles :
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* ``Curator`` : responsable de collection
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* Renommer le concept ``TaxId`` en ``Taxon``
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* Photos associées au concept ``HerbariumSpecimen`` mais également au concept ``Taxon``
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* Les traits phenotypic doivent être associés au concept ``Taxon``
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## Cas d'utilisation
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* Recherche d'ADN chloroplastique de haute qualité d'un taxon
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* Recherche d'ADN ribosomique de haute qualité sur telle zone géographique
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## TODO
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* Modèles, méthodes et outils pour l'utilisation conjointe des référentiels taxonomiques du NCBI et de PlantList
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* Modèle de représentation d'une taxonomie (sous la forme d'un graphe)
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* Méthode de mapping (au moyen de matchers d'ontologies ?)
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* Mise en place d'un site Web statique sur le domaine [phyloalps.org] pour présenter le projet
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[NEWT]:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC168923/
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[TaxRef]:https://inpn.mnhn.fr/programme/referentiel-taxonomique-taxref?lg=fr
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[phyloalps.org]:http://phyloalps.org/ |
