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# Réunion PhyloAlps #1
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*2017/02/20*
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## Participants
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* Roland Douzet
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* Christophe Perrier
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* Eric Coissac
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* Frédéric Boyer
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* Sébastien Lavergne
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* Anthony Hombiat
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## Considérations générales
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* BD **séquences ADN des plantes de l'arc Alpin**
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* Base de données pour la réduction du génome :
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* **Genome skimming**
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* RADseq : sélection aléatoire d'un sous ensemble du génome (reproductible)
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* Capture d'exon : cible spécifiquement les protéines
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* BD ouverte à tous les organismes experts du domaine
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* Répertorie les plantes angiospermes et vasculaires
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> Au-delà du problème technique, problème politique : les instituts sont crispés sur leur données : il faut les valoriser via la BD, externaliser la responsabilité et rendre les jeux de données des différentes institutions modulaires pour pouvoir les gérer indépendamment.
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## Données disponibles dans BD existantes
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* **Herbier PhyloAlps** (en cours de réalisation), QR code (référence espèce et séquence)
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* **Herbier du [CBNA]** : conservatoire Botanique Nationaux (CBN Alpin à Briançon et CBN Méditerranéen)
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* **[GBIF]** : Global Biodiversity Information Facility (occurrences, observations, /!\ couverture)
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* **[Androsace]** : traits biologiques de référence pour les plantes Alpines (voir avec Julien pour la disponibilité des données)
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* **[IFB]** : Institut Français pour la Bioinformatique
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* **[FRB]** : Fondation pour la Recherche en Biodiversité
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* **[BOLD]** : pas le génome complet (marqueurs taxonomiques, 2 gènes matK et rbcL)
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* **[INSD]** : International Nucleotide Sequence Database Collaboration :
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* **NCBI [GenBank]** : National Center for Biotechnology Information
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* **[EMBL]** : European Molecular Biology Laboratory
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* **[DDBJ]** : DNA DB of Japan European Molecular Biology Lab
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* **[UniProtKB]** (Swiss-Prot) utilise [EMBL]
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* **[Phylota]** : browser pour les plantes
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* **FloraAlpina** (version électronique ?)
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* **[Tela Botanica]** : association de botanique de référence pour la botanique numérique
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* **[Plant list]** (cf. [Kew project] : séquençage d'exons)
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## Interface de restitution
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* Recherche génomique type sur la BD :
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* Synonymie sur le référentiel taxonomique
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* Entonnoir : Taxon > librairie > échantillon
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* Pour chaque collection :
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* Description
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* Emprise fonctionnelle
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* Emprise géographique
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* Une page par taxon ? par biome ?
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* TaxId
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* Binôme genre-espèce et auteur (cf. Carl Von Linné)
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* Photos et scans d'herbier (serveurs d'images ? modèle d'herbier numériques existants ?)
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* Séquences d'ADN
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* Aires de répartition
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* Plotlist
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* Traits biologiques
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* Génome skimming
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* Accès part d'herbier
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* Silicathèque (conservation supérieure de l'ADN grâce à une sécheresse maximum)
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* Localisation GPS (souplesse, pas obligatoire)
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* Taxon coverage
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* Lien vers GBIF France
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* Critères remarquables
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* Chaque échantillon est rattaché à
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* une collection primaire
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* 0 ou plusieur(s) collection(s) secondaire(s)
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## Qualité des données
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* 2 types de données :
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* Données pérennes (séquence, scan) -> entrées une fois pour toutes
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* Données périssables (échantillons physiques) -> méthodes et outils pour la mise à jour
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* Que faire des calculs longs qui s'exécutent alors que les données en entrée changent ?
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* Modération, pas de modification directe de la BD
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* Utilisateur identifié en tant que référent et garant :
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* Qui ?
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* Quel labo ?
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* Référentiel mondial des noms d'auteur
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* Utilisateur responsabilisé, rattaché à une collection
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* batchs de soumission
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* Modèle de qualité de la donnée multi-critères
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* Confiance en l'auteur
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* Avis subjectif de l'auteur
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* Complétude des caractéristiques générales
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* Complétude des caractéristiques génomiques
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* Avis des utilisateurs
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* Système d'annotations : cf. features table EMBL/GenBank doc (système de preuves "evidences")
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* Issue tracking system (cf. Alain Viari, DR INRIA, bioinformaticien Herbs)
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* Processus de validation de la données en plusieurs étapes
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* Vérification syntactique et sémantique (automatique)
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* Identification des outliers (semi-automatique)
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* Elaboration de méthodes pour l'exploitation conjointe de référentiels taxonomiques hétérogènes :
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* [NCBI]
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* [Plant List]
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* Suivi de versions
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* Modifications en continu ?
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* Nouvelle mouture tous les X mois ?
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[CBNA]:http://www.cbn-alpin-biblio.fr/
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[GBIF]:http://www.gbif.org/
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[Androsace]:http://androsace.ujf-grenoble.fr/
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[IFB]:https://www.france-bioinformatique.fr/
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[FRB]:http://www.fondationbiodiversite.fr/fr/
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[BOLD]:http://www.boldsystems.org/
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[INSD]:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/collab/
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[NCBI]:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
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[GenBank]:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
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[EMBL]:http://embl.org/
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[DDBJ]:http://www.ddbj.nig.ac.jp/
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[UniProtKB]:https://www.ebi.ac.uk/uniprot
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[Phylota]:http://phylota.net/
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[Plant list]:http://www.theplantlist.org/
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[Kew project]:http://www.kew.org/
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[Tela Botanica]:http://www.tela-botanica.org/ |
