The PhyloAlps Project

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Data types

• Text (DNA sequence)
• Photo (plant pictures)
• Tree structure (taxonomy)

Database System

• Small distributed relational databases
• SPARQL endpoint to query the data
• Mapping of relational data to RDF (W3C R2RML specification)

Data Providers

• Herbier PhyloAlps (en cours de réalisation), QR code (référence espèce et séquence)
• Herbier du CBNA : Conservatoire Botanique National Alpin à Briançon
• GBIF : Global Biodiversity Information Facility (occurrences, observations, /!\ couverture)
• Androsace : traits biologiques de référence pour les plantes Alpines (voir avec Julien pour la disponibilité des données)
• IFB : Institut Français pour la Bioinformatique
• FRB : Fondation pour la Recherche en Biodiversité
• BOLD : pas le génome complet (marqueurs taxonomiques, 2 gènes matK et rbcL)
• INSD : International Nucleotide Sequence Database Collaboration :
  • NCBI GenBank : National Center for Biotechnology Information
    • Entrez Programming Utilities* (E-utilities)
  • EMBL : European Molecular Biology Laboratory
    • EMBL-EBI Web Services
    • EMBL-EBI RDF platform Ensembl
  • DDBJ : DNA DB of Japan European Molecular Biology Lab
• UniProtKB (Swiss-Prot) utilise EMBL
• Phylota : browser pour les plantes
• FloraAlpina (version électronique ?)
• Tela Botanica : association de botanique de référence pour la botanique numérique
• Plant list (cf. Kew project : séquençage d'exons)
• Biocatalogue

Gene Ontologies

W3C Health Care and Life Sciences Interest Group (HCLSIG)

• Gene Ontology (GO)
• Gene Ontology Next Generation (GONG) (broken)
• Micro Array Gene Expression Data (MGED)

Standards

• MicroArray Gene Expression Markup Language (MAGE-ML)
• KEGG Markup Language (KGML)