The PhyloAlps Project

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Data types

• Binomial nomenclature genus + species (Carl Von Linné)
• Herbarium pictures (photo server ? existing herbarium numeric model ?)
• DNA séquences
• Population distribution within an area
• Plotlist
• Phenotypic traits
• Genome skimming
• Silicathèque (conservation supérieure de l'ADN grâce à une sécheresse maximum)
• GPS coordinates
• Taxon coverage
• Noteworthy criteria

Data providers

• PhyloAlps Herbarium (work in progress), QR code (species and DNA sequence identification)
• CBNA Herbarium: Conservatoire Botanique National Alpin à Briançon
• GBIF: Global Biodiversity Information Facility (occurrences, observations, /!\ coverage)
• Androsace: reference phenotypic traits for Alpine plants
• IFB: Institut Français pour la Bioinformatique
• FRB: Fondation pour la Recherche en Biodiversité
• BOLD: pas le génome complet (marqueurs taxonomiques, 2 gènes matK et rbcL)
• INSD: International Nucleotide Sequence Database Collaboration :
  • NCBI GenBank: National Center for Biotechnology Information
    • Entrez Programming Utilities (E-utilities)
  • EMBL: European Molecular Biology Laboratory
    • EMBL-EBI Web Services
    • EMBL-EBI RDF platform Ensembl
  • DDBJ: DNA DB of Japan European Molecular Biology Lab
• UniProtKB (Swiss-Prot) utilise EMBL
• Phylota: plants browser
• FloraAlpina (electronic version ?)
• Tela Botanica: association de botanique de référence pour la botanique numérique
• Plant list (cf. Kew project: exons sequencing)
• Biocatalogue

Gene ontologies

W3C Health Care and Life Sciences Interest Group (HCLSIG)

• Gene Ontology (GO)
• Gene Ontology Next Generation (GONG) (broken)
• Micro Array Gene Expression Data (MGED)

Standards

• MicroArray Gene Expression Markup Language (MAGE-ML)
• KEGG Markup Language (KGML)