The PhyloAlps Project
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Data types
- Binome genre-espèce et auteur (Carl Von Linné)
- Photos et scans d'herbier (serveurs d'images ? modèle d'herbier numériques existants ?)
- DNA séquences
- Aires de répartition
- Plotlist
- Traits biologiques
- Génome skimming
- Accès part d'herbier
- Silicathèque (conservation supérieure de l'ADN grâce à une sécheresse maximum)
- Localisation GPS (souplesse, pas obligatoire)
- Taxon coverage
- Lien vers GBIF France
- Critères remarquables
Data providers
- Herbier PhyloAlps (en cours de réalisation), QR code (référence espèce et séquence)
- Herbier du CBNA : Conservatoire Botanique National Alpin à Briançon
- GBIF : Global Biodiversity Information Facility (occurrences, observations, /!\ couverture)
- Androsace : traits biologiques de référence pour les plantes Alpines (voir avec Julien pour la disponibilité des données)
- IFB : Institut Français pour la Bioinformatique
- FRB : Fondation pour la Recherche en Biodiversité
- BOLD : pas le génome complet (marqueurs taxonomiques, 2 gènes matK et rbcL)
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INSD : International Nucleotide Sequence Database Collaboration :
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NCBI GenBank : National Center for Biotechnology Information
- Entrez Programming Utilities (E-utilities)
- EMBL : European Molecular Biology Laboratory
- DDBJ : DNA DB of Japan European Molecular Biology Lab
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NCBI GenBank : National Center for Biotechnology Information
- UniProtKB (Swiss-Prot) utilise EMBL
- Phylota : browser pour les plantes
- FloraAlpina (version électronique ?)
- Tela Botanica : association de botanique de référence pour la botanique numérique
- Plant list (cf. Kew project : séquençage d'exons)
- Biocatalogue
Gene ontologies
W3C Health Care and Life Sciences Interest Group (HCLSIG)
- Gene Ontology (GO)
- Gene Ontology Next Generation (GONG) (broken)
- Micro Array Gene Expression Data (MGED)