GitLab

• Le fichier "ratio" produit avec --save-ratio contient les colonnes suivantes : Sample, Father_id, Father_status, From, To, Weight_from, Weight_to, Count_from, Count_to, Position, length, A, C, G, T

  Lesquelles utiliser pour calculer les ratios ? ("count" ou "weight" ? à quoi chacune d'elles correspond-t-elle ?)

• Dans le graphe produit avec --save-graph, les noeuds ont des attributs "weight". Est-ce que ça correspond au nombre de reads du noeud ? Si oui, peut-on calculer les ratios à partir de cet attribut ? (je l'ai fait et ai trouvé des ratios supérieurs à la valeur de l'option -r d'obiclean)

• Enfin, si je m'intéresse à un échantillon et que je viens extraire les lignes correspondantes dans le fichier "ratio", j'ai moins d'arêtes que dans le graphe de l'échantillon, est-ce normal ?

Merci d'avance :) Anne-Sophie