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Opened Mar 13, 2023 by SylvainMoinard@sylvain.moinard

gobiclean : --save-graph enregistre comme délétion des "a -> n"

Un certain nombre de mutants dans le graphe sont erronés : ils sont enregistrés comme délétion alors que la base mutée est "n".

Voilà mon bout de code, à partir du jeu de données euka03.

Bash

#Après repérage...

gobigrep -c 2031 -C 2031 -l 138 -L 138 GWM-1107.sample.uniq.fasta > seq_mere

gobigrep -c 1307 -C 1307 -l 138 -L 138 GWM-1107.sample.uniq.fasta > seq_n_del

cat seq_mere seq_n_del > seq_n

gobiclean --save-ratio seq_n.csv --min-eval-rate 100 seq_n > seq_n.clean

R

`` #change path

graph_n <- read.csv("~/Documents/These/euka03/seq_n.csv")

graph_n

data_n <- read_obifasta("~/Documents/These/euka03/seq_n.clean")

counts <- extract_readcount(data_n, key = "merged_sample")

counts

#La comparaison montre que counts et graph_n traitent bien les mêmes séquences

substr(data_n$sequence[1], graph_n$Position[1]+1, graph_n$Position[1]+1)

substr(data_n$sequence[2], graph_n$Position[1]+1, graph_n$Position[1]+1)

#C'est la seule différence

which(sapply(1:nchar(b$sequence), function(i)(substr(data_n$sequence[1], i, i) != substr(data_n$sequence[2], i, i)))) ``

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None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: obitools/obitools4/obitools4#10