# Réunion PhyloAlps #13

*24/05/2018*

## Participants  

* Martí Boleda
* Eric Coissac
* Anthony Hombiat
* Sébastien Lavergne

## Interface de PhyloAlps Database

* Ajouter un tableau des séquences d'ADN sur l'écran des assemblages d'ADN dans lesquels elles sont impliquées
* Ajouter le nom de la commune dans les informations de localisation des échantillons
* Corriger les mentions légales : L'hébergement de `phyloalps.org` se fait à l'UGA et non pas chez `Gandi.net` qui est notre DNS
* Réparer les boutons de fermeture de la boîte de dialogue modale des mentions légales dans la partie Edition
* Sur la page d'accueil, afficher les 3 points d'entrée vers les échantillons suivants :
  * `Projects`
  * `Taxa`
  * `Sampleset`
* Ajouter un widget permettant de parcourir l'arborescence des différents référentiels taxonomiques disponibles dans `taxo.phyloalps.org`
* Ajouter visualisation du graphe d'assemblage
* Indiquer - en utilisant l'italique par exemple - les colonnes qui sont utilisées pour filtrer les informations des tableaux dynamiques
* Ajouter un champ `description` dans la rubrique `Project` de la partie Exploration
* Réparer le champ de filtrage des résultats de la recherche des échantillons
* Modifier la barre de recherche de sorte qu'elle permette de filtrer sur différents attributs des échantillons plutôt que par point d'entrée
* Etendre l'utilisation des tableaux dynamiques à la partie Edition

## Jeux d'échantillons

* L'interface doit permettre la création de jeux d'échantillons potentiellement issus de différents projets à des fins de recherche et généralement *liés à l'écriture d'un article*.
* Le système doit permettre d'ajouter des échantillons à la manière d'un 'panier', comme c'est le cas sur certains sites Web commerciaux par exemple.
* La persistance en mémoire des jeux d'échantillons se fait selon deux modes :
  1. **jeu d'échantillon *privé*** : le jeu d'échantillon est enregistré en session et sera détruit avec elle ; le jeu d'échantillon peut être exporté sous la forme d'une liste d'identifiants correspondants aux échantillons qu'il contient.
  2. **jeu d'échantillon *public*** : sur demande explicite d'un utilisateur à l'administrateur du site, un jeu d'échantillons privé peut être enregistré en base de données et devenir disponible publiquement aux autres utilisateurs de la base. Il est généralement lié à un article scientifique dont on trouvera la référence sur l'interface de la base de données PhyloAlps.
* On peut imaginer des opérations/visualisation ensemblistes (union, intersections, différence, inclusion, ...) sur les jeux d'échantillons
* Le jeu de données lié au papier de Christina (les échantillons concernés sont flaggés par un fichier vide nommé `parasitic-plant.partof` sur `seq.phyloalps.org`)