#13
Réunion PhyloAlps24/05/2018
Participants
- Martí Boleda
- Eric Coissac
- Anthony Hombiat
- Sébastien Lavergne
Interface de PhyloAlps Database
- Ajouter un tableau des séquences d'ADN sur l'écran des assemblages d'ADN dans lesquels elles sont impliquées
- Ajouter le nom de la commune dans les informations de localisation des échantillons
- Corriger les mentions légales : L'hébergement de
phyloalps.org
se fait à l'UGA et non pas chezGandi.net
qui est notre DNS - Réparer les boutons de fermeture de la boîte de dialogue modale des mentions légales dans la partie Edition
- Sur la page d'accueil, afficher les 3 points d'entrée vers les échantillons suivants :
Projects
Taxa
Sampleset
- Ajouter un widget permettant de parcourir l'arborescence des différents référentiels taxonomiques disponibles dans
taxo.phyloalps.org
- Ajouter visualisation du graphe d'assemblage
- Indiquer - en utilisant l'italique par exemple - les colonnes qui sont utilisées pour filtrer les informations des tableaux dynamiques
- Ajouter un champ
description
dans la rubriqueProject
de la partie Exploration - Réparer le champ de filtrage des résultats de la recherche des échantillons
- Modifier la barre de recherche de sorte qu'elle permette de filtrer sur différents attributs des échantillons plutôt que par point d'entrée
- Etendre l'utilisation des tableaux dynamiques à la partie Edition
Jeux d'échantillons
- L'interface doit permettre la création de jeux d'échantillons potentiellement issus de différents projets à des fins de recherche et généralement liés à l'écriture d'un article.
- Le système doit permettre d'ajouter des échantillons à la manière d'un 'panier', comme c'est le cas sur certains sites Web commerciaux par exemple.
- La persistance en mémoire des jeux d'échantillons se fait selon deux modes :
- jeu d'échantillon privé : le jeu d'échantillon est enregistré en session et sera détruit avec elle ; le jeu d'échantillon peut être exporté sous la forme d'une liste d'identifiants correspondants aux échantillons qu'il contient.
- jeu d'échantillon public : sur demande explicite d'un utilisateur à l'administrateur du site, un jeu d'échantillons privé peut être enregistré en base de données et devenir disponible publiquement aux autres utilisateurs de la base. Il est généralement lié à un article scientifique dont on trouvera la référence sur l'interface de la base de données PhyloAlps.
- On peut imaginer des opérations/visualisation ensemblistes (union, intersections, différence, inclusion, ...) sur les jeux d'échantillons
- Le jeu de données lié au papier de Christina (les échantillons concernés sont flaggés par un fichier vide nommé
parasitic-plant.partof
surseq.phyloalps.org
)