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Réunion PhyloAlps28/11/2017
Participants
- Martì Boleda
- Frédéric Boyer
- Eric Coissac
- Anthony Hombiat
- Christophe Perrier
- Maxime Rome
- Cristina Roquet Ruíz
Deploiement prototype
- Demande de service de virtualisation chez GRICAD après échange avec Nicolas Gibelin. Caractéristiques de la machine virtuelle demandées :
- OS : Autre linux (64 bits)
- CPU : 8
- RAM : 16Go
- Espace disque : 100Go
- Profile de VM : normal
- Sauvegarde auto : oui
- Coût estimé : 550€
- Restreindre l'accès via
.htpasswd
Interface graphique
- Ajouter un bouton d'export de la BD au format MS Excel
- Utiliser reverse geocoding (Geonames.org) à l'import puis à titre indicatif dans l'éditeur
Données
- Données génomiques sur le noeud
luke23
- chemin d'accès :
/bettik/LECA/phyloskims/data/prerelease/phyloalps
- rawseq ID : projectID + labID (exemples :
PHA00510
,CAR00490
) - log de la commande d'indexation
- fichiers
.done
ou.error
selon que l'opération s'est déroulée avec succès ou non
- chemin d'accès :
- Utiliser sshfs pour reconstruire l'arborescence sur la VM
- Données phénotypiques : interfacer Androsace
- Données taxonomiques : interfacer TNRS
- Intégrer jeux de données échantillons WSL
- Intégrer jeux de données parasites LECA