# Réunion PhyloAlps #8

*20/09/2017*

## Participants

* Martì Boleda
* Frédéric Boyer
* Eric Coissac
* Rolland Douzet
* Anthony Hombiat

## PhyloAlps Taxonomy Service

* Refonte de l'ontologie PAON et des mappings D2RQ pour considérer le `TaxonName` comme un concept à part entière
* Discussion autour des relations du NCBI :
 * `TaxonName` -> `TaxonName`
 * `Taxon` -> `TaxonName`
* Intégration de la taxonomie du MOBOT :
  * client HTTP en python
  * parser SQL
  * mapping D2RQ
* Identification des `Taxon` et `TaxonName`, en particulier pour les taxonomies du NCBI et du MOBOT
* Mise à jour du modèle de données en conséquence
* Faire le lien entre les 3 référentiels taxonomiques via TNRS

## PhyloAlps DataBase

* Introduction des avancements dans le projet PhyloAlps à Marti
* Discussion autour du fichier d'échantillonnage PhyloAlps
* Implémentation d'une moulinette python pour charger les données dans la BD
* Quel système de projection :
  * **WGS 84** (EPSG:4326) ?
  * **RGF 93** (EPSG:2154) ?
  * **ETRS 89** (EPSG:3035) ?
* Coordonnées GPS erronées pour de nombreux échantillons
* Gestion des données dans **PostgreSQL** + cartouche **PostGIS**
* Ajouter un référent de type `Person` au concept `Project`
* Les `Contributors` d'un `Project` peuvent contribuer à d'autres `Project` (ManyToMany relation)
* Ajouter un attribut de type `Organization` aux concepts `DNAExtract`, `DNARawseq` et `DNAssembly`
* Multiplicité de plusieurs à plusieurs entre les concepts `DNARawseq` et `DNAAssembly`
* Ajouter un attribut commentaire au concept `DNAAssembly`
* Ajouter un attribut méthode au concept `DNAAssembly`
* Supprimer l'attribut `codeCBNA` du concept `DNAExtract`
* Générer le nom d'un `Sampleset` sur la base du nom du `Project` parent et des bornes inférieure et supérieure des `Sample` qu'il contient
* Utiliser le module 'Full text search' de PostgreSQL pour indexer les résultat de l'autocomplétion de la barre de recherche
* Notion de lot de `DNARawseq` : `Batch` (à laisser de côté pour l'instant)

## PhyloAlps Application

* Implémentation du modèle de données dans le framework python **Django**
* Mise à jour du modèle de données en conséquence
* Gestion de l'**authentification sécurisée** des utilisateurs
* Implémentation de la réinitialisation de mot de passe via server SMTP ***mail.gandi.net:587***
* CSS framework **Bulma**
* 2 modules distincts :
 * **Phyloalps *Browser*** : données graphes
 * **PhyloAlps *Editor*** : données relationnelles
* Sécurisation des URLs via rôles utilisateur suivants :
 * Admin
 * Editeurs
 * Anonymes
* Rajouter les informations importantes de chaque élément dans la cascade rappelée par le fil d'Arianne :
  * `Project` : référent
  * `Sample` : nom scientifique + rang taxonomique
  * `DNAExtract` : date + organisation
  * `DNALibrary` : organisation
  * `DNAAssembly` : organisation
* Ajouter une carte sur la page de description d'un `Sample` pour visualiser sa localisation
* Ajouter le WSL dans les membres du projet (pied de page)
* Ajouter les partenaires de chaque projet dans la page de description d'un `Project`

## PhyloAlps Infrastructure

* Discussion avec Patrick Juen à la mi-juillet pour définir les besoins techniques
* Discussion avec Olivier après relance début septembre