# Réunion PhyloAlps #6

*12/05/2017*

## Participants

* Frédéric Boyer
* Eric Coissac
* Anthony Hombiat
* Sébastien Lavergne

## Référentiel taxonomique INPN

* Rangs taxonomiques :
  * `inpn:CLAD` <=> `ncbi:NoRank`
  * `inpn:Dumm` <=> `ncbi:NoRank`
  * `inpn:RG` <=> `ncbi:Reign`
  * `inpn:Biota`<=> `ncbi:Root`

## Référentiel taxonomique NCBI

* Les taxons non validés apparaissent dans la base préfixés par "Candidatus" ou "Candidate"

## TODO

* Intégrer les liens d'un service de réconciliation de référentiel taxonomique par l'intermédiaire du nom scientifique (`pato:scientificName`) sous forme de graphe
* Intégrer le 3ème référentiel taxonomique : [MoBoT]
* Conformer l'ontologie de la taxonomie PhyloAlps aux standards, en particulier, au [Taxonomic Concept (Transfer) Schema]
* Rédiger le README.md sur https://git.metabarcoding.org/phyloalps/phylotaxo/tree/master
* Installer OpenLink Virtuoso pour interroger simultanément les différentes base de données taxonomiques grâce aux [requêtes fédérées de SPARQL 1.1]

[Taxonomic Concept (Transfer) Schema]:http://tdwg.napier.ac.uk/
[MoBoT]:http://tdwg.napier.ac.uk/
[requêtes fédérées de SPARQL 1.1]:https://www.w3.org/TR/sparql11-query/#basic-federated-query