# Réunion PhyloAlps #2

*14/03/2017*

## Participants
* Frédéric Boyer    
* Eric Coissac
* Roland Douzet  
* Anthony Hombiat
* Sébastien Lavergne  
* Christophe Perrier

## Sources de données

* FloraAlpina version numérique exploitable voir avec Marty ou Sébastien
* [NEWT] : référentiel taxonomique utilisé par SwissProt et EMBL, diffère un peu de la taxo du NCBI
* Si un TaxId existe dans les référentiels taxonomiques NEWT et NCBI c'est le même.
* DDBJ WABI copyright ? Etonnant puisqu'il s'agit des mêmes données que celles du NCBI/EMBL
* [TaxRef] est un autre référentiel taxonomique utilisé en France
* La discussion avec TelaBotanica peut être initiée avec Daniel Mathieu
* Sources de données Androsace : CBN, Roland, terrain. Chaque source est indiquée, sa disponibilité peut être retrouvée
* Une part d'herbier = échantillon d'une collecte
  * Localisation (/!\ différents degrés de précision)
  * Photo
  * Nomenclature (/!\ différente selon la date à laquelle elle a été apposée)
  * Date (/!\ différents degrés de précision)
* Expliquer les différentes licences qui régissent la disponibilité des données (CC, ODbL, etc.)

## Modèle de données

* Extraire du concept ``Sample`` le concept ``HerbariumSpecimen``
* Etoffer le concept ``DNAsequence``
* 3 types de données géographiques :
  * échantillon : observation ponctuelle séquence ou photo
  * occurrences : observation
  * aire de répartition
* Voir le système de maillage géographique hiérarchique administrativo-écologique utilisé par l'UNESCO
* Raffiner le concept ``User`` en différents rôles :
  * ``Curator`` : responsable de collection
* Renommer le concept ``TaxId`` en ``Taxon``
* Photos associées au concept ``HerbariumSpecimen`` mais également au concept ``Taxon``
* Les traits phenotypic doivent être associés au concept ``Taxon``

## Cas d'utilisation

* Recherche d'ADN chloroplastique de haute qualité d'un taxon
* Recherche d'ADN ribosomique de haute qualité sur telle zone géographique

## TODO

* Modèles, méthodes et outils pour l'utilisation conjointe des référentiels taxonomiques du NCBI et de PlantList
  * Modèle de représentation d'une taxonomie (sous la forme d'un graphe)
  * Méthode de mapping (au moyen de matchers d'ontologies ?)
* Mise en place d'un site Web statique sur le domaine [phyloalps.org] pour présenter le projet

[NEWT]:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC168923/
[TaxRef]:https://inpn.mnhn.fr/programme/referentiel-taxonomique-taxref?lg=fr
[phyloalps.org]:http://phyloalps.org/