# Réunion PhyloAlps #17
*05/03/2019*

## Participants
* Eric Coissac
* Anthony Hombiat
* Sébastien Lavergne
* Charles Pouchon

## Base de données

* PhyloAlps Browser : BD version n
* PhyloAlps Editor : BD version n+1
* Répertoire `prereleases/` : dernières données d'assemblage alimentant l'éditeur après validation

## PhyloData

Environnement pour la manipulation des données génomiques de PhyloAlps

### Structure de fichiers

* Sur Luke : /bettik/LECA/phyloskims :
  * `junk/` : pre-corbeille
  * `phylodata/` : scripts et fichiers de configuration pour manipuler les données génomiques de PhyloAlps
    * `bin/` : scripts
    * `crontasks/` : taskdaemon.cron qui lance les jobs OAR sur le cluster
    * `etc/` :
      * `env.phyloskims` : environnement logiciel pour manipuler les données
      * `phylodb.conf` qui définit des variables liées aux données PhyloAlps
    * `jobscripts/` : différents scripts à lancer en séquence
    * `lib/` : librairies
    * `log/` : logs des scripts
    * `tasks/` : queue de tâches à envoyer sur OAR lancée par le `taskdaemon.cron`
    * `tmp/` : dossier tampon pour les scripts
  * `data/`
    * `rawdata/` : répertoire par centre de séquençage (BGI, génoscope, fasteris) puis par projet puis par librairies
    * `prereleases/` : répertoire par projet puis par espèces puis

### Commandes

* `phyloclean` : enlève le statut DONE d'une tâche donnée
* `phylodo` : crée les fichiers de tâches dans le répertoires `tasks/` qui seront lancées par le `daemontask.cron`
*  `phyloedit` : permet d'éditer une tâche
* `phyloidx` : réindexe les répertoires après le séquençage
* `phyloneeds` : renvoie la liste des scripts qu'il reste à lancer pour une tâche donnée
* `phylorun` : lance le `command.sh` dans le shell afin de voir les sorties
* `phylopushd`: déplace vers le répertoire d'une librairie donnée dans `/prereleases`