# Réunion PhyloAlps #14

*18/09/2018*

## Participants

* Frédéric Boyer
* Bruno Bzeznik
* Eric Coissac
* Anthony Hombiat

### Intégration continue

***Docker**isation* du projet PhyloAlps :
  * Réfléchir au degré de granularité pour le découpage en container
  * Développer tests unitaires, fonctionnels et de non régression
  * Elaborer un jeu de données test
  * Gérer les différentes versions de la base de données

### Exploration des échantillons via la taxonomie

  * La taxonomie de référence est celle du NCBI
  * Faire le lien avec les autres référentiels taxonomiques
  * Filtrer/Différencier les taxa selon qu'il existe ou non des échantillons rattachés

### Annotations

3 types d'annotations :
  * `MessageAuto` : message généré automatiquement sur un assemblage d'ADN
  * `MessageManual` : message laissé par un expert sur un objet lié à l'échantillonnage ou à la génomique
  * `MessageStatus` : message laissé par un expert justifiant de la validation ou bien du rejet d'un objet lié à l'échantillonnage ou à la génomique

Les `MessageAuto` et `MessageManual` possède un degré de sévérité à 3 niveaux : `INFO`, `WARNING` ou `ERROR`
Les `MessageManual` et `MessageStatus` possède un attribut indiquant la version de la base de données
Les `MessageManual` et `MessageStatus` sont liés à un compte utilisateur PhyloAlps

### Intégration du règne animal

Généraliser le nom des concepts liés aux plantes pour englober le règne animal :
  * `Herbarium` -> `Collection`
  * `Herbpress` -> `Specimen`

### Visualisation du graph d'assemblage

Ajouter légende :
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