# Réunion PhyloAlps #12

*05/03/2018*

## Participants  
 
* Martí Boleda
* Eric Coissac
* Anthony Hombiat
* Sébastien Lavergne  
* Christophe Perrier
* Maxime Rome
* Cristina Roquet-Ruíz

## Interface de requête

* L'interface de requête de la base de données est une fonctionnalité centrale de l'application sur laquelle il va falloir se pencher. L'interface de requête du site [Tropicos] est une référence en la matière et pourra servir de base à celle de PhyloAlps.

## Données génomiques

* Eric a autorisé l'accès au répertoire contenant les données génomiques qui apparaissent désormais sur le site [seq.phyloalps.org], reste à faire le lien vers les fichiers séquence sur [data.phyloalps.org] via le fichier de métadonnées xml générer par Eric.
* A terme, le fichier de méta-données contiendra également un lien vers le fichier embl.
* Le modèle de données des assemblages est à préciser : il faudra certainement sous-classer le concept `assembly` avec différent type (chloroplast, rdna, etc.). Des données sur la qualité des résultats seront également à ajouter.
* Certaines des informations génomiques, notamment sur l'état d'avancement du processus de séquençage ne sont pertinentes que dans la partie édition de l'application. Le modèle de données de la base de données correspondante devra donc être enrichi (à discuter avec Martí).

## Intégration des mises à jour de l'herbier de la SAJF

* La SAJF utilise une base de données 4D pour stocker les informations relatives aux collections d'herbier : pour chacune des versions de la base de données PhyloAlps, il faudra intégrer les mises à jour côté herbier de la SAJF.

## Distribution des données au format RDF

* La base de données versionnée accessible dans la partie exploration de l'application devra également être accessible sous forme de triplet (RDF, OWL) via une API : le modèle de données [BRAHMS] pourra servir de point de départ à la définition d'un modèle de données dédié.

## Mentions légales

* Suite à l'ouverture des ports 80 et 443 depuis l'extérieur vers la machine virtuelle phylodb.u-ga.fr, le service sécurité informatique de l'UGA demande à ce qu'une rubrique *Mentions légales* soit intégrée au site : on partira des mentions légales du site du LECA pour les ajouter.

[Tropicos]:http://www.tropicos.org/
[seq.phyloalps.org]:http://seq.phyloalps.org/
[data.phyloalps.org]:http://data.phyloalps.org/
[BRAHMS]:https://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/brahms/