# Réunion PhyloAlps #7a

*21/07/2017*

## Participants

* Martì Boleda
* Anthony Hombiat

## Feuille de calcul répertoriant les échantillons de PhyloAlps

* Echantillonnage dans 3 pays différents : Suisse, Autriche et France (`CH/AT/FR`)
* Chaque entrée correspond à un échantillon conservé dans du silicagel
* Christophe Perrier fait le lien entre chaque échantillon et la part d'herbier correspondante
* Lorsqu'un identifiant (`lab ID`) est partagé par plusieurs entrées, il s'agit de plusieurs extractions d'ADN provenant d'un même échantillon
* Parfois le `code CBNA` est le même pour des échantillons distincts (problème dans la planification de la collecte) : il faut générer nos propres identifiants uniques (clé primaire)
* Les formats GPS ne sont pas homogènes
* Les formats de référence à l'expert concerné par le prélèvement ne sont pas homogènes (il peut également s'agir de l'organisme)
* `SP/IND` signifie espèce indéterminée
* Projet `PhA` signifie PhyloAlps
* Pour le projet de Toulouse, il n'y a pas d'échantillonnage, uniquement des extractions d'ADN (ne concerne pas la BD PhyloAlps, à tout le moins pas la première mouture)
* Les couleurs ne sont pas significatives pour l'import des données dans la base
* Les colonnes `sample status` et `taxon status` ne doivent pas être importées
* Le suivi de la collecte, depuis l'échantillonnage jusqu'au séquençage (`Sample` => `DNAAssembly`), est reporté sur une feuille de calcul Google Drive

Correspondances entre la feuille de calcul et le modèle de données de la base PhyloAlps :
  * Les colonnes à gauche de la colonne `code extraction` sont des attributs du concept `Sample`
  * Les colonnes entre la colonne `code extraction` et la colonne `sequençage` sont des attributs du concept `DNAExtract`
  * Les colonnes à droite de la colonne `sequençage` sont des attributs du concept `DNALibrary`