ecoPCR

• DNA barcoding is a tool for characterizing the species origin using a short sequence

 from a standard position and agreed upon position in the genome. To be used as a DNA barcode, 
 a genome locus should vary among individuals of the same species only to a minor degree and it 
 should vary among species very quickly. From a practical point of view, a barcode locus should be 
 flanked by two conserved regions to design PCR primers. Several manually discovered 
 barcode loci like COI, rbcL, 18S, 16S and 23S rDNA, or trnH-ps are routinely used today, but no   
 objective function has been described to measure their 
 quality in terms of universality (barcode coverage, Bc ) or in terms of taxonomical discrimination 
 capacity (barcode specificity, Bs ). 

ecoPCR is an electronic PCR software developed by LECA (LECA) and Helix-Project (HELIX). It helps you to estimate Barcode primers quality. In conjunction with OBITools you can postprocess ecoPCR output to compute barcode coverage and barcode specificity.
New barcode primers can be developed using the ecoPrimers softwareBR

Currently, ecoPCR is available as a local program that you can download and install on unix like machine.

ecoPrimers

[wiki:EcoDocumentation Documentation]BR

[wiki:EcoDownload Download source]BR